專利復審的程序問題包括客體、延期、權利恢復、口頭審理、電話討論、時間等問題。
一、專利復審中的客體問題
根據我國專利法規定，專利復審請求的客體僅限于對專利申請作出的駁回決定，具體包括兩大類：一是發明、實用新型、外觀設計專利申請初步審查時，發現不符合專利法實施細則第44條的規定，經過陳述意見、修改或兩次補正后仍然沒有消除缺陷，而作出的駁回決定；二是發明專利申請實質審查時，發現不符合專利法實施細則第53條的規定，經過陳述意見、修改后仍然沒有消除缺陷，而作出的駁回決定。除這兩大類之外的其他決定均不屬于專利復審的客體，如果申請復審將不予受理或者即使受理了也將被駁回。這里對復審請求客體的規定，包含兩層意思：
一是專利申請被駁回后僅能選擇復審這一種救濟措施，而不能直接向法院起訴或者請求行政復議。根據國家知識產權局行政復議規程第5條的規定，專利申請人對駁回專利申請的決定不服的，不能申請行政復議。
二是專利申請駁回決定之外的其他具體行政行為不能選擇復審，只能選擇向法院起訴或者請求行政復議。比如，對視為撤回、優先權審批、費用減緩審批、延長期限審批、權利恢復請求審批、復審無效中的程序性決定、不予受理等情形可以選擇行政復議，對于不服復審決定、無效宣告決定、不服行政復議決定等情形可以選擇向法院起訴。
二、專利復審程序中的延期問題
專利復審請求經過合議審查后，專利復審委員會發出的通知書主要包括兩類：一是復審通知書（較常見），二是復審請求口頭審理通知書（較少見），并指定答復期限（1個月）。在指定的答復期限屆滿之前（包括期限屆滿的當日）可以提出延長期限請求。延長的期限不足1個月的，以1個月計算，最多不超過2個月；對于同一個通知指定的期限一般只允許延長1次，最多延長2次；第1次延長每月300元，再次延長每月2000元。也就是說，對于專利復審中的指定期限而言，延長的時間最長可達到4個月，最高費用為4600元。
三、專利復審程序中的權利恢復問題
專利復審程序中涉及權利需要恢復的情形主要包括兩種：一是因正當理由延誤了提起復審的期限（自收到駁回決定之日起3個月內），導致復審請求權的喪失；二是因正當理由延誤了答復復審通知書的指定期限（自收到復審通知書之日起1個月內），導致專利申請權的喪失。這兩種情形在具體辦理權利恢復時存在差別。
1.對于復審請求權的恢復
根據我國專利法規定，專利申請人請求復審的期限為自收到駁回決定之日起的3個月，該期限是法定期限，期限屆滿時，專利申請人未提起復審請求，駁回決定將生效，國家知識產權局不會發出權利喪失的處分決定。基于此，復審請求權的恢復期限應當以前述3個月的期限屆滿后的第1日為起算點，向后計算2個月。
2.專利申請權的恢復
根據專利法實施細則規定，專利申請人應當在專利復審委指定的期限內針對復審通知書進行答復，期滿不答復，復審請求將視為撤回，視為撤回將使專利申請人喪失專利申請權。根據專利審查指南第五部分第七章第5.2節的規定，喪失專利申請權的處分決定（即視為撤回專利申請權通知書）應當自期限屆滿日起滿1個月后做出。也就是說，即使處分決定是期限屆滿日滿1個月后的當日發出，專利申請人收到視撤通知不會早于指定期限屆滿日之后的1.5個月。基于此，專利申請權的恢復期限應當自“指定期限屆滿后+1.5個月”屆滿后的第1日為起算點，向后計算2個月。例如，專利復審委員會指定答復期限為1個月，屆滿日為2013年12月5日，那么，權利恢復的期限為2014年1月20日至3月20日，在2013年12月5日至2014年1月20日之間權利未喪失，不需要恢復，可按照正常的處理程序處理。
四、專利復審程序中的口頭審理問題
根據專利審查指南規定，合議組可以采取書面審理、口頭審理或者書面與口頭審理相結合的方式進行審查。在實務中，專利復審案件通常以書面審查為主，口頭審理的情形較少，但復審請求人根據自己的需要可以考慮提出口頭審理。
1.口頭審理請求的提出
口頭審理請求應當以書面形式提出，至于以何種具體的書面形式提出，專利復審委員會并沒有專門的表格可供，申請人可以在答復復審通知書的意見陳述中提出口頭審理請求，也可以使用獨立文件材料提出。
2.口頭審理請求的審查
復審請求人可以提出口頭審理的情形僅包括：一是需要當面向合議組說明事實或者陳述理由，說明事實主要包括對技術內容的闡述，陳述理由主要包括針對專利技術對相關法條的意見；二是需要實物演示。實務中，符合上述兩種情形也可能不被允許口頭審理，是否允許口頭審理，由合議組根據案件的具體情況決定。
3.口頭審理的通知和參加與否的法律效果
如果確定進行口頭審理，合議組會向復審請求人發送口頭審理通知。通常而言，合議組確定的口頭審理日期與發文日之間至少要相距45日（針對隨口頭審理通知書將專利申請不符合專利法及實施細則有關規定的情況告知復審請求人的情形）或37日（針對沒有告知專利申請存在缺陷的情形）。對于口頭審理是否參加，復審請求人具有選擇權，如果選擇參加口頭審理，應當在收到口頭審理通知之日起7日內向專利復審委員會提交回執確認，或者在口頭審理當日直接出席口頭審理，否則，將視為不參加口頭審理；如果選擇不參加口頭審理，復審請求人應當在指定期限內提交答辯意見，否則，復審請求將被視為撤回。
五、專利復審程序中的電話討論
專利審查指南對復審程序中是否允許進行電話討論以及電話討論的程序如何進行等均未作出規定，實務中電話討論的機會較少。但是，現有規定并不排斥這種語言溝通方式。與實質審查階段相同，復審程序中的電話討論，也主要適用于案件中存在“次要且不會引起誤解的缺陷所涉及的問題”的情形。通常而言，合議組在遇到上述性質的問題且認為可能需要撤銷駁回決定時，會采取電話討論方式。
需要特別注意的是，復審程序中電話討論的內容并不具有法律效力（但電話討論的內容不得作為對復審請求人不利的直接證據），不被允許記載到審查決定之中，如果經過討論，即便合議組審查員認同復審請求人的意見陳述或修改內容，也應當主動提交正式書面文件。
六、專利復審程序中的時間問題
目前的法律法規沒有規定專利復審委員會對復審請求的審查期限（《專利復審委員會復審案件審查周期控制辦法》僅作為內部規定實施）。據筆者個人經驗，專利復審案件（以電學為主）自提出復審請求到接到受理通知書的平均時間在1.5個月左右，自收到受理通知書到接收復審通知書的平均時間在15個月以上。也就是說，全部復審環節（立案、受理、下發復通、復通答復、作出復審決定等）的總時間可能達到20個月以上。如果再加上實質審查的時間，一個專利申請所消耗的時間將更長。專利申請人的時間利益將可能出現損失。
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