1、在先商標信息的不完整性和滯后性
商標局在商標審查中的主要依據就是檢索商標局內計算機數據庫中的各類信息。由于商標局每天都要收到大量的各類商標申請，而且這些申請資料都要人工一一進行分類并通過掃描輸入商標局數據庫，因此，各類商標申請文件從商標局接收之日到可以從計算機數據庫中檢索到需要一定的周期，這個信息輸入周期即使在商標局內部也需長達1～3個月，對外則一般在3～6個月，這還只是商標申請本身的基本信息，也就是通常所講的查詢盲區。同樣，商標局各職能處的各審查流程和環節也都存在一定的程序周期，特別是國家機關的工作效率普遍不高，而且會議多學習多其他應酬多，此外，目前絕大多數審查員都在25～35歲之間且女性居多，個人的請假也特別多，因此不同審查員之間的差異也很大，這就導致其他商標審查信息也同樣存在信息的滯后和不完整情況。雖然這種商標信息的滯后和不完整情況隨著這些年來商標局計算機系統的多次全面改造和工作管理上的改進，比起以前已經有了很大的改善，但不管怎樣，這種現象在相當時期內是無法避免而客觀存在的。
這種在先商標信息不完整和滯后性的后果，在某些情況下可能會造成對商標判斷上的失誤。即便是在商標局內部，審查員在工作中也無法避免這種信息的滯后和不完整性所造成的誤判結果。
2、主動審查中信息來源的局限性
商標局主動審查中所依據的最完整、最可靠的信息就是商標局自己多年積累的商標注冊和申請信息。而其他的諸如，縣級以上地名、某些行業、產品信息等等都要商標局自己去逐步收集整理的，由于信息來源的被動和滯后，有所遺漏是正常現象。而對于諸如專利注冊、版權登記上的信息商標局根本就不會關注，只有權利人自己在商標初審公告期三個月的被動審查中發現后，通過異議程序來維護自己的權益。
此外，對馳名商標的跨類保護問題，商標局對于自己在商標異議中認定馳名、對商標評審委員會在商標爭議中認定的馳名，以及北京一、二中院和高院、上海等幾個法院認定的馳名實施跨類保護，而對其他一些地方法院認定的馳名商標，商標局不知道也不承認也不實施跨類保護。
因此，商標局在實施行政主動審查中的信息來源本身就是有局限性的。其他很多的在先權益都只有通過公告異議期的被動審查來解決。
3、審查員的主客觀差異所產生的誤差
每個商標注冊申請的審查都是通過各個審查員獨立完成的，由于不同的審查員在專業范圍、知識面及工作經驗、責任心等方面存在著一定差異，審查結果必然會受到主客觀方面多種因素的影響。針對相同類型的個案，不同的審查員、不同類別的審查員可能得出截然相反的判斷結果，而且法律也賦予審查員在審查過程中，根據個人理解所行使的自由裁量權。實踐中我們經常遇到的現狀，如：年輕的新審查員對商標近似的判斷一般比較機械而片面，特別較真，往往審查尺度較嚴;另外，商標局經常會臨時調整一些審查員支援某些積壓文件過多的審查類別，由于不同類別所涉及的行業性質、商品/服務特點不同，其審查尺度的把握也有所不同，審查員在調整審查類別后，很容易造成審查尺度的寬嚴不一;等等。
總的來說，商標審查屬于主觀性較強的工作，因此存在差異是無法避免的現象。
4、國家法規政策的時段性造成審查尺度的變動
我國自從1983年頒布商標法以來，相關的商標法律法規政策就隨著市場經濟的發展和新問題的出現一直處在動態發展階段性調整之中，而且在相當一個時期內這種動態調整仍將繼續，這種調整不可避免地要影響審查尺度。長期接觸商標的人應該知道，很多按照過去尺度能夠注冊的商標，而在現在已經屬于不能注冊的商標，同樣在過去屬于不能注冊的商標，現在有很多屬于可以注冊的。
尤其是我國的行政法規政策，很多情況下往往帶有時代的印記，并隨著時間的變化而變化。因此，不了解政策的變化和趨勢，而是靜態孤立地看待商標、看待審查標準，就會出現理解判斷上的偏差。
5、不同類別的商品或服務項目在審查尺度中把握的差異
俗話說"東西是死的，人是活的"，這種講法應用在商標審查上是非常貼切的。因為，商標法以及商標審查標準雖然看起來是一個統一的標準，但在實踐中確可以衍生出千變萬化的理解和應用。對于同一個商標而言在不同的商業行業、不同的產品和服務、不同的客戶群體、不同的消費層次、不同的市場渠道、不同的銷售對象、不同的使用方式、不同的地域限制……等等，對商標的識別方式、關注程度、混淆可能等也會有很大的不同。因此，在商標實質審查中，不同類別的商品或服務，甚至在同一類別的特定商品上，其審查尺度上可以有所不同。但是這種尺度的把握會有偏差，就連審查員之間有時候也有較大的差異，由此而產生的差異風險，具有不確定性，難以避免。
6、商標代理人在對商標注冊申請的可行性判斷上的主客觀性
商標代理機構和其代理人的水平和素質高低對商標注冊申請可行性的判斷差異是顯而易見的。有相當一部分代理機構是延續原來的工商部門的體系發展而來的，其代理觀念和模式就是沿用原有傳統的簡單填表、簡單判斷、傳遞文件的純中介郵差代理。這類模式基本上就沒有對商標進行詳細可行性分析判斷的內容和習慣。
此外，商標代理行業是2003年5月份才全面開放的，很多代理人在對商標注冊的熟悉和了解程度遠遠不夠，專業能力偏低。
這些現狀都對商標的可行性分析判斷的準確度有很大的影響。
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7、可能存在異議風險
商標異議是我國法律規定的，對已經商標局主動審查并初步審定核準的商標，以《商標公告》方式對外公開征求社會公眾監督的被動審查的法定程序，任何人對初步審定核準的商標持有不同意見并有明確理由的，都可以在初步審定公告之日起3個月異議期內向商標局提出異議申請，要求撤銷初步審定，駁回該商標的注冊申請。
商標異議是法律賦予任何一個公民和企業權力，任何人只要具備基本的主體資格和適當的理由，哪怕這個理由是錯誤的、莫須有的、惡意的……等等，都可以在規定時間內對初步審定公告的商標提出異議。一旦商標被提異議，該商標就會自動進入漫長的異議程序中，商標局在審理中對異議人的異議理由和被異議人的答辯理由進行詳細審理裁決。異議理由不成立的，該商標被核準注冊，異議理由成立的，該商標將被駁回。對商標局異議裁定不服的還可以進一步進行商標異議復審，直至法院訴訟。
就目前異議程序的審理現狀來說，商標局的異議審理期要長達2年以上，商標評審委員會的異議審理期需要2年以上，北京第一中級人民法院和北京高級人民法院的二級訴訟裁定各需要1年左右。如果全部程序走完需要長達數年。曾經有過的異議案例，最長的可達近十年。
因此，異議存在的可能性也是必須經過而無法避免的風險。
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